清潔度檢測設備價格較貴，在操作時要注意方法、使用后所要注意保養，具體注意事項如下：
1、當清潔度檢測設備入口管被蓋住或被堵塞，不要啟動計數儀。
2、應該在潔凈環境下使用，以防止對激光傳感器的損傷。
3、禁止抽取含有油污、腐蝕性物質的氣體，也不要測有可能產生反應的混合氣體(如氫氣和氧氣)。這些氣體也可能在計數器內產生爆炸。測這些氣體需與清潔度檢測設備廠家為取得更多的信息。
4、沒有高壓減壓設備(如高壓擴散器)不要取樣壓縮空氣，所有的計數器被設計用于在一個大氣壓下操作。儀器的工作位置和采樣口應處于同一氣壓和同一溫濕度環境下，保證清潔度檢測設備正常工作。
5、水，溶液或其它液體都不能從入口管進入傳感器。
6、粒子計數器主要用來測試凈化車間干凈的環境，當測的地方有松散顆粒的材質，灰塵源，噴霧處時，保持距進口管至少十二英寸遠。以免以上的顆粒及液體污染傳感器及管路。
7、取樣時，避免取樣從計數器本身排出來的氣體所污染的氣體。
8、在連接外置打印機或連接外接溫濕度傳感器時，需先關掉計數器；當執行打印操作時，打印機上須有打印紙，否則會損傷打印頭。
9、在搬運清潔度檢測設備時，應輕搬輕放，少受振動、沖擊。特別是對于臺式的粒子計數器，更加要小心，以免損壞清潔度檢測設備內部元件。
