奧林巴斯顯微鏡作為精密的光學儀器，在包裝運輸中的時候要注意有所講究，如果處理不善，就會對與顯微鏡的目鏡、物鏡等等造成傷害，所以對于奧林巴斯顯微鏡的包裝和運輸，必須要有一個大的重視程度。
奧林巴斯顯微鏡的包裝分內包裝和外包裝兩步。內包裝就是把顯微鏡裝在特制的包裝箱內。奧林巴斯顯微鏡在箱內應固定牢靠，保證木箱在翻倒、震動時都不會發生松動。鏡頭盒子也應牢靠地固定在箱內.說明書、隨機附件等應帶的東西均應全部包裝在箱內，不得遺漏，以保證顯微鏡的成套性。箱內應附有清單，以便核對。最后把箱子鎖好。
外包裝就是運輸包裝。包裝箱可以是厚紙箱，也可用木板箱。但不論哪種箱，均不應有裂縫、腐蝕等現象。箱子大小，應根據需要可以一臺裝、二臺裝或四臺裝，箱內應干燥。高、中級型金相顯微鏡，應以一臺裝為宜。特別是顯微鏡價格十分昂貴的產品，內包裝箱的周圍應有防潮紙，箱與箱之間應墊以瓦楞紙，放進外包裝箱后。
外包裝完成以后，箱子表面應標明精密顯微鏡，小心輕放，不許倒置，向上，防潮等字樣標記。
在運輸中：
(1)奧林巴斯顯微鏡在短途運愉時，應盡量把顯微鏡放在車輛的前部，儀器箱子下面應墊上軟物，并加以固定，然后蓋上蓬布。
(2)奧林巴斯顯微鏡在攜帶時，應將顯微鏡放在箱內正確的位置上，并固定牢靠，箱子拎在手里時不要搖晃，以防儀器在箱內受到撞擊。
